為達到培育碩博士級金融專業人才為職志的目標，本所課程除了一般財務金融所必備的基本課程，另加強財務工程及金融市場發展，並結合各種深入的財務專題，增加研究生對金融情勢之掌握及因應之能力。並善用友系企業管理研究所之相關管理課程增加研究生選修之多樣化選擇，例如組織行為，行銷，產業經濟，人力資源管理及資訊管理相關理論與應用等課程，並且增闢有關商業自動化發展技術，及整合性管理技術應用方面之課程，期許使本所研究生除了財務管理專業知識之外，亦能擁有一般MBA的知識，成為深度、廣度兼具的一流財務金融專業人才。

本所教學目標可分5個構面說明：專業化、國際化、實務導向、全人化、資訊化。

1. 專業化目標：本所以全盤調整課程規劃，課程安排除財務金融理論外，並增設財務工程專長領域以及著重數量研究方法
2. 國際化目標：培養學生全球化視野。具體作法包括：邀請外籍人士教授英語課程，以增強學生英語聽和說的能力、99學年度起碩博士班採全面英語授課並擴大招收外籍研究生，引進國外專業師資(含外籍教師)來所進行研究和教學合作，並推薦國外專家學者蒞臨本所訪問。
3. 實務導向：本所針對碩士班新生舉辦新生暑期研習營活動，邀請本所畢業之財金EMBA校友和管理學院畢業之EMBA校友到本所擔任「財金實務專題」講師，專題內含銀行、證券、期貨等財務金融專業領域。增加財務金融實務之內涵，以及未來新興產業發展趨勢，開設「財務金融實務研討」與「新興產業專題研討」兩門課程供研究生選修
4. 全人化目標：培養全方位的財務金融人才，使學生具有高瞻遠矚的規劃能力、廣博的知識、擴大財金理論和實務之知識與人文和藝術素養。
5. 資訊化目標：訓練學生掌握科技發展潮流，隨時掌握Bloomberg國際財經訊息，有效擷取並分析運用資訊的能力。如各種資料庫的運用，與網際網路能力培養等。